El Colegio Mexiquense, A.C., mantiene una activa participación en redes académicas y colaboraciones interinstitucionales que fortalecen su labor en investigación y docencia.
Forma parte de la Red de Colegios y Centros de Investigación en Ciencias Sociales, junto con instituciones como El Colegio de México, El Colegio de Michoacán, El Colegio de Sonora, El Colegio de la Frontera Norte, El Colegio de San Luis, El Colegio de la Frontera Sur, El Colegio de Jalisco, el Centro de Investigación y Docencia Económicas (CIDE), el Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora, el Centro de Investigación y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS) y el Centro de Investigación en Geografía y Geomática "Ing. Jorge L. Tamayo" .
Estas alianzas permiten el desarrollo de proyectos conjuntos, intercambio de publicaciones y organización de eventos académicos.
Además, ha establecido convenios de colaboración con diversas instituciones, como el Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones de México (INEHRM) y el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) , para la realización de investigaciones conjuntas y actividades de difusión. A través de su Unidad de Vinculación, El Colegio Mexiquense diseña y ejecuta programas de colaboración con instituciones académicas, fortaleciendo así su compromiso con el estudio y la solución de los principales problemas del Estado de México y del país .
